Warto w tym kontekście zwrócić uwagę na korzystny wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 28 października 2020 r. (sygn. II FSK 2568/19), do którego niedawno ukazało się uzasadnienie. W swoim wyroku NSA uznał, iż wbrew stanowisku prezentowanemu przez organy podatkowe oraz niektóre sądy administracyjne, przy kalkulacji limitu 5% EBITDA z art. 15e ustawy o CIT należy uwzględnić tylko przychody i koszty związane z działalnością opodatkowaną. NSA przychylił się tym samym do prezentowanej przez większość sądów administracyjnych wykładni przepisów i uznał, iż skoro w art. 15e ust. 4 ustawy o CIT odwołano się do art. 7 ust. 3 ustawy o CIT, to w ramach działalności zwolnionej limity kosztowe nie powinny mieć zastosowania. NSA wskazał, iż skoro sam dochód nie jest opodatkowany, to tym samym bezcelowe jest wprowadzanie w tym zakresie jakichkolwiek instrumentów o charakterze zabezpieczającym interes Skarbu Państwa (celem wprowadzenia regulacji z art. 15e była bowiem walka z agresywną optymalizacją podatkową obniżającą dochód do opodatkowania). Warto przypomnieć, że za taką interpretacją w przeszłości opowiadały się sądy administracyjne m. in. w wyrokach: WSA w Krakowie, wyrok z 10 lipca 2019 r. (sygn. I SA/Kr 577/19) czy WSA w Szczecinie, wyrok z 24 lipca 2019 r. (sygn. I SA/Sz 618/19). W orzecznictwie widoczne jest jednak także stanowisko przeciwne, tzn. nakazujące kalkulować limit 5% EBITDA w oparciu o całość działalności danego podatnika i dopiero tak obliczoną wysokość kosztów podlegających limitowaniu przyporządkować do działalności zwolnionej i opodatkowanej. Przyporządkowanie to odbywać się ma według faktycznego związku z danym rodzajem działalności (alokacja bezpośrednia) lub za pomocą współczynnika, jeśli taki jest stosowany do danych kategorii kosztowych. Stanowisko takie zaprezentowano przykładowo w wyrokach: WSA w Gliwicach, wyrok z 12 września 2019 r. (sygn. I SA/Gl 1299/19) czy WSA w Rzeszowie, prawomocny wyrok z 2 czerwca 2020 r. (sygn. I SA/Rz 240/20).
Mimo iż omawiany wyrok NSA może mieć istotne znaczenie dla dalszego kierunku orzecznictwa sądów administracyjnych, warto mieć na uwadze, iż organy podatkowe niechętnie zmieniają w takich sytuacjach praktykę wskazując, iż „orzeczenia sądowe są wiążące jedynie w sprawach, w których zapadły”, a te „nie stanowią materialnego prawa podatkowego” (por. interpretacja DKIS z 3 marca 2020 r., sygn. 0111-KDWB.4010.12.2019.2.KK). Pozytywnego rozstrzygnięcia sporu można więc aktualnie oczekiwać dopiero na etapie sądowym.
