Z uwagi na różnorodność modeli udostępniania oprogramowania oraz sposobów rozliczenia warto jednak zwrócić uwagę na skutki podatkowe, które w zależności od przyjętych zapisów umowy licencyjnej, mogą się dość istotnie od siebie różnić.
W przypadku transakcji licencyjnej istota problemu sprowadza się do określenia charakteru tej usługi. Zgodnie ze stanowiskiem historycznie prezentowanym przez organy podatkowe, udzielenie licencji jest świadczeniem o charakterze ciągłym trwającym przez cały okres umowy licencyjnej, a moment powstania obowiązku podatkowego ustalany jest w odniesieniu do przyjętych okresów rozliczeniowych. Z kolei według równolegle występującego poglądu, udzielenie licencji jest zasadniczo czynnością jednorazową, a co za tym idzie, obowiązek podatkowy rozpoznawany jest zgodnie z zasadami ogólnymi.
Powyższy problem został rozstrzygnięty w wyroku NSA z 05.09.2017 r. (sygn. akt I FSK 2319/15), w treści którego skład orzekający przychylił się do stanowiska, zgodnie z którym sprzedaż licencji nie może być traktowana jako świadczenie o charakterze ciągłym. Czym innym jest bowiem okres, przez jaki uprawnienie do korzystania z tych praw ma trwać, a czym innym moment ich przeniesienia na usługobiorcę. Dla momentu powstania obowiązku podatkowego nie ma również znaczenia czy płatność nastąpiła z góry, czy też w kilku ratach (o ile od płatności ratalnych nie uzależniono możliwości korzystania z licencji). Płatność ratalna zasadniczo nie kreuje bowiem powstania okresów rozliczeniowych w rozumieniu VAT i związanego z tym obowiązku podatkowego, a stanowi wyłącznie formę rozliczenia. Takie stanowisko wydaje się również być akceptowane przez organy podatkowe (por. interpretacja indywidualna z 09.09.2019 r., sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.323.2019.1.SM; z 19.12.2019 r., sygn. 0114-KDIP1-1.4012.650.2019.1.JO). Tym samym należy przyjąć, iż w przypadku nabycia licencji od kontrahenta zagranicznego (import usług), podatnik krajowy zobowiązany do samonaliczenia VAT w Polsce rozpozna obowiązek podatkowy tylko raz – w momencie otrzymania licencji do użytkowania (w zależności od konkretnego przypadku może to być np. moment podpisana umowy / zakończenie konfiguracji / przekazanie klucza licencyjnego, itp.).
Odnosząc się natomiast do kwestii podatku naliczonego należy wskazać, iż w myśl art. 86 ust. 10 ustawy o VAT, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy. Tym samym, zakładając że spełnione są ogólne warunki do odliczenia podatku VAT (wykorzystywanie licencji do realizowania czynności opodatkowanych VAT), podatnik powinien rozpoznać podatek naliczony z tyt. importu usług w tym samym okresie co podatek należny.
Końcowo pragniemy wskazać, iż nieco inaczej sytuacja może przedstawiać się w przypadku nabycia licencji, która zakłada realizację okresowych opłat rozliczeniowych będących warunkiem niezbędnym do korzystania z narzędzia. W takim wypadku zastosowanie znajdzie przepis art. 19a ust. 3 ustawy VAT, zgodnie z którym za moment wykonania usługi należy uznać ostatni dzień każdego okresu rozliczeniowego, do którego odnosi się płatność (nie rzadziej niż raz w roku). Z uwagi na powyższe, niezwykle istotne jest określanie skutków podatkowych dla każdej z umów licencyjnych indywidualnie. Brak jest bowiem w tym zakresie uniwersalnego wzorca, który byłby prawidłowy dla wszystkich dostępnych na rynku opcji nabycia licencji.