Po zeszłorocznej nowelizacji, zyski osiągane przez wspólników SK są dla celów PIT/CIT rozliczane jako przychody z tyt. udziału w zyskach osób prawnych. W rezultacie przychody te są opodatkowane zryczałtowanym podatkiem dochodowym w wysokości 19%, a SK pełni funkcję płatnika podatku. W zależności od statusu danego wspólnika (komplementariusz vs komandytariusz), ustawy podatkowe przewidują odmienne rozwiązania dot. rozliczenia takiego dochodu. W przypadku komplementariuszy, preferencje pozwalające na uniknięcie podwójnego opodatkowania dochodu przewidziano w art. 22 ust. 1a i 1b UPDOP oraz art. 30a ust. 6a i 6b UPDOF. Pozwalają one na proporcjonalne pomniejszenie podatku komplementariusza o kwotę podatku należnego od dochodu wypracowanego na poziomie spółki.
W myśl stanowiska prezentowanego obecnie przez organy podatkowe, w przypadku wypłaty zaliczek na poczet zysku SK, uzyskany przez komplementariusza z tego tytułu przychód podlega tymczasowo pełnemu opodatkowaniu tzn. bez pomniejszania go o podatek należny "przypadający" na niego na poziomie spółki komandytowej. Preferencję w postaci odliczenia można wykorzystać dopiero na etapie rozliczenia rocznego. Pogląd ten został zaprezentowany m.in. w interpretacji DKIS z 19.04.2021 r., sygn. 0115-KDIT1.4011.61.2021.1.MR czy interpretacji DKIS z 08.06.2021 r., sygn. 0114-KDIP2-1.4010.91.2021.4.KS.
Odmienny pogląd został natomiast wyrażony w wyroku NSA z 03.12.2020 r., sygn. akt II FSK 2048/18, w treści którego Sąd uznał, iż spółka komandytowo-akcyjna wypłacając komplementariuszom zaliczki na poczet zysku, nie ma – jako płatnik – obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego. W uzasadnieniu wskazano, że obowiązek podatkowy komplementariusza powstały z chwilą wypłaty mu zaliczki na poczet udziału w zyskach, przekształci się w zobowiązanie podatkowe dopiero w momencie obliczenia rocznego dochodu SKA. Dopiero wówczas znana będzie bowiem wysokość podatku do zapłaty przez komplementariusza. Wyrok ten dotyczy wprawdzie opodatkowania zaliczek w SKA, niemniej mechanizm preferencji jest w tym przypadku identyczny jak dla SK.
Z ekonomicznego punktu widzenia prawidłowe wydaje się być drugie z prezentowanych stanowisk. Istotą rozwiązań, o których mowa w treści art. 22 ust. 1a i 1b UPDOP oraz art. 30a ust. 6a i 6b UPDOF, jest bowiem zapobieżenie negatywnym skutkom podwójnego opodatkowania tego samego dochodu. Z kolei stanowisko prezentowane przez organy podatkowe stoi w sprzeczności z tym celem. Wprawdzie komplementariusz będzie mieć możliwość odzyskania nadpłaconego podatku, niemniej pojawi się ona dopiero na etapie rozliczenia rocznego. Podwójne opodatkowanie nie będzie mieć zatem charakteru trwałego, niemniej trudno jest również bronić stanowiska, iż jest ono krótkotrwałe. Na wyeliminowanie podwójnego opodatkowania zaliczki wypłaconej w styczniu danego roku, komplementariusz będzie bowiem musiał czekać kilkanaście miesięcy (zakładając, że w zakresie nadpłaty organ podatkowy nie zainicjuje odrębnego postępowania weryfikującego jej zasadność).
Równocześnie pragniemy wskazać, iż przyjęcie podejścia prezentowanego w ww. wyroku NSA obarczone jest ryzykiem podatkowym. Obecnie nie jest bowiem jasne w jakim kierunku ukształtuje się linia orzecznicza sądów administracyjnych, zaś organy podatkowe konsekwentnie odmawiają komplementariuszom SK prawa do korzystania z ulgi już w trakcie roku podatkowego. W omawianym zakresie można oczywiście rozważyć wystąpienie z wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego, niemniej należy liczyć się z tym, że korzystne dla podatnika stanowisko może zapaść dopiero na etapie postępowania sądowo administracyjnego.
