Obowiązujące od 1 stycznia 2017 r. regulacje dotyczące zasad rozliczeń m.in. WNT w zakresie w jakim ograniczały neutralność podatkową poprzez konieczność rozpoznania VAT należnego i naliczonego wynikającego z tej samej transakcji w różnych okresach rozliczeniowych były niezgodne z Dyrektywą VAT. Wniosek ten potwierdzała większość składów sędziowskich polskich sądów administracyjnych, w tym m.in. WSA w Krakowie w orzeczeniu z 27 września 2017 r. w sprawie prowadzonej przez Taxpoint, które jako pierwsze dotyczyło tej kwestii. Ostatecznie, do analogicznych wniosków doszedł również TSUE w wyroku z 18 marca 2021 r. w sprawie C-895/19. Orzeczenie to stało się bezpośrednią przyczyną zmiany przepisów obowiązujących przez prawie 5 lat.
Zgodnie z nowymi regulacjami, które weszły w życie już 7 września 2021 r., warunkiem rozliczenia VAT należnego i naliczonego z tytułu WNT w tym samym miesiącu jest: (1) dysponowanie fakturą w terminie trzech miesięcy od upływu miesiąca, w którym powstał obowiązek podatkowy dla WNT oraz (2) wykazanie VAT należnego związanego z tym WNT we właściwej deklaracji, z tą różnicą, że przepisy nie ograniczają już terminu na wykazanie tego podatku w deklaracji (poprzednio były to trzy miesiące).
Jeżeli nabywca, pomimo braku faktury, wykazał WNT w swoich rozliczeniach i dokument ten nie dotarł do niego w ciągu trzech miesięcy, to konieczne jest dokonanie korekty poprzez pomniejszenie VAT naliczonego wynikającego z tego WNT w rozliczeniu za okres, w którym upłynął termin na uzyskanie faktury (art. 86 ust. 10g ustawy o VAT). Późniejsze otrzymanie faktury uprawnia nabywcę do powiększenia podatku naliczonego związanego z dokonywanym WNT w rozliczeniu za okres, w którym uwzględnił on podatek należny (art. 86 ust. 10h ustawy o VAT).
Skutkiem tych przepisów jest to, że w rozliczeniu za okres, w którym minął trzymiesięczny termin na uzyskanie faktury konieczne jest pomniejszenie podatku naliczonego wynikającego z rozpoznanego wcześniej WNT. Jednocześnie, w rozliczeniu pierwotnym pojawia się VAT naliczony w podwójnej wysokości – po raz pierwszy wykazany w normalnym toku rozliczeń w związku z rozpoznaniem obowiązku podatkowego i po raz drugi w następstwie korekty będącej konsekwencją późniejszego otrzymania faktury.
Taki schemat rozliczeń, w naszej ocenie, nie skutkuje powstaniem odsetek za zwłokę po stronie nabywcy (bo VAT naliczony pomniejszany jest „na bieżąco” w momencie upływu terminu do otrzymania faktury a nie wstecznie w momencie jego wykazania). Inna sprawa, że regulacje wprost uzależniają odliczenie VAT naliczonego z tytułu WNT od otrzymania faktury. Jej brak równoznaczny jest z brakiem prawa do odliczenia.
Odrębną kwestią związaną z WNT jest to, w jaki sposób wyrok TSUE o niezgodności polskich przepisów z prawodawstwem unijnym oddziałuje na historyczne rozliczenia podatników i zapłacone przez nich odsetki za zwłokę. Podejście organów do tej kwestii jest niestety niejednolite. Z naszej praktyki wynika, że z jednej strony urzędy skarbowe zasadniczo pozytywnie rozpatrują składane przez podatników wnioski o stwierdzenie nadpłaty w postaci odsetek zapłaconych przez podatników w następstwie stosowania przepisów zakwestionowanych przez TSUE. Z drugiej strony, zdarzają się przypadki, w których organy odmawiały potwierdzenia, że w okresie pomiędzy wydaniem wyroku a zmianą przepisów podatnicy mogą stosować zasady rozliczeń z pominięciem przepisów skutkujących powstaniem odsetek (zob. m.in. interpretacja Dyrektora KIS z 31 sierpnia 2021 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.285.2021.1.AKR).
