W dotychczasowej praktyce uznawano, że zmiana statusu przedsiębiorcy w rozumieniu rozporządzenia Komisji (UE) nr 651/2014 w trakcie realizacji inwestycji będzie mieć wpływ na intensywność pomocy publicznej, a co zatem idzie - na wysokość puli pomocy publicznej obliczonej od poniesionych wydatków w ramach inwestycji. Inwestor zachowywał jednak prawo do puli pomocy publicznej obliczonej od poniesionych wydatków przed zmianą statusu i według wskaźnika określonego na moment uzyskania decyzji lub zezwolenia, nie miał też obowiązku dokonywania korekty otrzymanej uprzednio pomocy. Jeśli jednak poniósł nowe wydatki już po zmianie statusu, to do tych nowych wydatków stosowany był już inny wskaźnik intensywności pomocy publicznej (por. przykładowo interpretacja Dyrektora KIS z 23 września 2019 r., znak 0111-KDIB1-3.4010.320.2019.1.MBD).
Zapowiedzią zmiany podejścia do tej kwestii była interpretacja Dyrektora KIS wydana13 maja 2022 r. (znak 0111-KDIB1-3.4010.216.2022.2.JG). Choć dotyczyła ona sytuacji, w której zakończono już realizację inwestycji (poniesiono całość kosztów kwalifikowanych), to jednak warto odnotować, iż Dyrektor KIS podkreślił, że przysługująca intensywność pomocy na podstawie statusu przedsiębiorstwa powinna być ustalana na dzień wydania zezwolenia na prowadzenie działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej i powinna być niezmienna przez cały okres realizacji inwestycji.
W kolejnej interpretacji Dyrektora KIS z 27 maja 2022 r. (znak 0111-KDIB1-3.4010.199.2022.1.JKU) wprost potwierdzono, iż w przypadku, gdy w trakcie realizacji inwestycji status przedsiębiorcy realizującego tę inwestycję ulegnie zmianie, pozostanie to bez wpływu na poziom intensywności pomocy publicznej przyznanej w ramach decyzji – bez względu na moment poniesienia wydatków inwestycyjnych. Innymi słowy, w ocenie Dyrektora KIS intensywność pomocy publicznej winna być badania na moment wydawania decyzji. Takie podejście wynika z przyjęcia założenia, że w świetle art. 2 pkt 11 Ustawy o postępowaniach w sprawach dotyczących pomocy publicznej momentem udzielenia pomocy przedsiębiorcy strefowemu będzie data wydania decyzji, gdyż w tym momencie przedsiębiorca – zdaniem Dyrektora KIS - nabywa prawo do skorzystania z pomocy publicznej. A skoro status przedsiębiorcy badamy na moment otrzymania pomocy publicznej, to jego późniejsza zmiana nie powinna mieć znaczenia.
Wskazana zmiana w podejściu organów podatkowych może mieć duże znaczenie dla planowania nowych inwestycji w okresie zmiany statusu, a także wpłynąć na kwestie praktyczne związane ze sposobem rozliczania tej pomocy, takie jak chociażby dyskontowanie. Jak na razie nie można jednak ocenić, czy mamy istotnie do czynienia ze zwiastunem zmian czy jedynie chwilowym wyłomem w dotychczasowej praktyce organów podatkowych.
