Szczegółowy harmonogram wdrożenia KSeF 2.0 wygląda następująco:

• Czerwiec 2025 – publikacja nowej struktury logicznej FA(3) na ePUAP oraz dokumentacji API KSeF 2.0,
• Lipiec 2025 – zakończenie procesu legislacyjnego,
• Wrzesień 2025 – rozpoczęcie otwartych testów API,
• Listopad 2025 r. – udostępnienie certyfikatów oraz testowej wersji Aplikacji Podatnika KSeF 2.0,
• 1 lutego 2026 r. – obowiązek stosowania KSeF przez podatników VAT z obrotem powyżej 200 mln zł, (limit obrotu powinien być kalkulowany w oparciu o dane za rok 2024, z uwzględnieniem kwoty podatku VAT tj. wartość brutto sprzedaży)
• 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek stosowania KSeF przez pozostałych podatników.

Projekt przewiduje ujednolicony okres przejściowy do 31 grudnia 2026 r., który obejmuje:

• zawieszenie stosowania kar za naruszenia przepisów o KSeF,
• odroczenie obowiązku podawania numeru KSeF w przelewach – także w MPP,
• dopuszczenie wystawiania faktur uproszczonych w postaci paragonów z NIP nabywcy,
• możliwość wystawiania faktur poza KSeF (papierowych lub elektronicznych) w przypadku transakcji nieprzekraczających 450 zł i łącznej sprzedaży miesięcznej nie wyższej niż 10 000 zł – pod warunkiem łącznego spełnienia tych kryteriów.

Wprowadzono nowe rozwiązanie - stały i dobrowolny tryb offline24 zastępujący stare rozwiązanie offline. Będzie on mógł być stosowany stale i wedle własnego uznania. Jego istotą będzie możliwość wystawienia w pierwszej kolejności faktury poza KSeF (w formacie zgodnym ze strukturą logiczną) oraz późniejsze – maksymalnie następnego dnia roboczego – dosłanie faktury do KSeF. Dla faktury wystawionej w tym trybie utrzymana zostanie data jej wystawienia – zawsze będzie do data nadana w polu P_1 (a nie data wysyłki do KSeF jak w przypadku standardowych faktur wystawianych online).

Nowelizacja wprowadza również szereg innych modyfikacji:

• Wprowadzenie nowych zasad oznaczeń faktur poza KSeF – dwa kodu QR identyfikujące fakturę (kod „offline” i kod „certyfikat”),
• Utrzymanie możliwości wystawiania w KSeF faktur dla konsumentów (B2C) na zasadach dobrowolności – bez konieczności uzyskania zgody konsumenta,
• Możliwość dołączania ustrukturyzowanych załączników do faktur w KSeF, po wcześniejszym zgłoszeniu za pośrednictwem e-Urzędu Skarbowego,
• Możliwość stosowania identyfikatora zbiorczego w przypadku płatności za wiele e-faktur pochodzących od wielu odbiorców,
• Wymóg wskazania na fakturze numeru NIP jednostki podległej JST (sekcja Podmiot3),
• Zmiana zasad ujmowania korekt VAT in minus w obrocie krajowym – wyeliminowany zostanie wymóg posiadania uzgodnienia warunków korekty z dostawcą towarów lub usługodawcą.