Zdaniem fiskusa koszty ponoszone w związku z umowami faktoringu (zarówno pełnego, jak i niepełnego) stanowią zapłatę za udostępnienie środków i korzystanie z nich, a więc zasadniczo porównują faktoring do pożyczki. Przykładowo, w interpretacji z 13 czerwca 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-2.4010.160.2024.2.INW) organ uznał, że nie ulega wątpliwości, iż faktoring stanowi formę finansowania działalności gospodarczej. W konsekwencji organy podatkowe przyjmują, że koszty związane z faktoringiem stanowią koszty finansowania dłużnego w rozumieniu przytoczonych wyżej przepisów. W rezultacie nie zawsze będą mogły w całości stanowić koszty uzyskania przychodów (ustawa przewiduje limit dla tego typu wydatków). Dyrektor KIS argumentuje swoje stanowisko szeroką definicją kosztów finansowania dłużnego zawartą w Dyrektywie ATAD, gdzie określono jedynie przykładowy katalog takich kosztów.

Odmienne stanowisko wyrażane jest jednak w orzecznictwie, gdzie wyraźnie rozgranicza się skutki podatkowe faktoringu pełnego i niepełnego. Zdaniem sądów administracyjnych podejście wyrażane przez organy podatkowe można uznać za właściwe wyłącznie w odniesieniu do faktoringu niepełnego, w którym faktor może dochodzić zapłaty wierzytelności od faktoranta w przypadku nieściągalności wierzytelności od dłużnika. Faktoring właściwy, w którym taki regres nie istnieje, nie spełnia ekonomicznej funkcji pożyczki. Nie można zatem uznać kwoty kosztów związanych z tym instrumentem za inne równoważne ekonomicznie odsetkom ani tym bardziej za odsetki. W konsekwencji uznaje się, że w przypadku faktoringu pełnego po stronie przedsiębiorcy nie powstają koszty związane z pożyczeniem obcych środków. Nie należy więc ich kwalifikować jako koszty finansowania dłużnego, które podlegałyby ograniczeniom wskazanym w art. 15c ust. 1 ustawy o CIT (tak np. w wyroku NSA z 3 października 2023 r., sygn. II FSK 391/22).